最近的研究表明，由于剖宫产，早期抗生素使用，母乳喂养受限或其他因素而导致微生物组发育受到破坏的婴儿，罹患一系列健康状况的风险更高，包括哮喘和过敏，呼吸道感染，肠易激疾病，类型1糖尿病和肥胖。但他们也认为，不管一个多么婴儿娩出后，家长可以采取措施让宝宝的细菌生态系统有一个良好的开端。
出生与微生物组
到成年时，它们会容纳500至1,000种肠道细菌，其中许多有益于肠道，可抵抗引起感染的微生物，消化食物和代谢营养物质，并与中枢神经系统相互作用，从而影响情绪和认知健康。细菌收集的基础是在3岁时建立的，而生命的前三个月发生的情况至关重要。
阿扎德说：“婴儿出生时基本上没有微生物，免疫系统也很不成熟，两者共同发展，相互交流。”他指出，最早在婴儿的肠道，皮肤和口腔中定殖的微生物有助于教会免疫系统。有害而没有。“当缺少微生物，并且免疫系统无法正常发育时，发生问题的风险就会更大。”
可能的话，阴道分娩标志着关键的一步，即婴儿通过产道时会使其暴露于多种细菌中。
“通过剖宫产出生的婴儿没有得到同等程度的曝光，”萨拉·爱德华兹，博士，认证不得─说，助产士和护士在埃默里大学医学院微生物研究员。
在最近的一项研究中，研究人员对120例婴儿在出生后第一年的粪便样本进行了10次检查，发现阴道出生的婴儿的有益细菌更多，有害细菌更少。另一项针对纽约出生的6,000多例婴儿的最新研究发现，通过剖宫产出生的婴儿到3岁时出现食物过敏或哮喘的可能性翻倍。
总结说：“这项研究和其他研究的证据表明，母亲在分娩过程中传递给婴儿的细菌可能有助于保护孩子免受哮喘和食物过敏的影响。”
爱德华兹（Edwards）指出，即使母亲在水破裂后工作了一段时间，也会使婴儿接触到有益微生物。通常，通过紧急剖宫产（经过一些劳动）出生的婴儿的微生物组要比通过计划剖宫产的婴儿健康。
尽管现在医生还不建议这样做，但一些研究人员已经开始研究一种称为“ 阴道接种 ” 的做法，在这种做法中，棉签被用来用新生儿产道中的液体接种新生儿的皮肤，鼻子和嘴巴。 -可能有助于通过剖宫产出生的婴儿建立健康的微生物组。
同时，在不可避免地要进行剖宫产的情况下，爱德华兹说，妈妈和宝宝出生后立即进行大量的皮肤接触可以帮助新生儿接种妈妈的好细菌。
